一方、学業成績の優れた院生に対して支給される奨学金があります。これは院生が申請するものではなく、専攻を通じて研究科で選考される仕組みになっています。「安倍能成奨学金」(このところ、毎年度、研究科から3〜4人)、「学習院大学学業優秀者給付奨学金」(毎年度、各専攻から2人の計20人)があります。また、史学専攻に限定して「末松奨学金」(毎年度1人)があります。
また、後期課程においては毎年在籍者全員に20万円の研究教育給付金が支給されています。あわせて、遠隔地で学会発表を行う場合には研究科が旅費を負担するという独自の制度があり、これもまた大学院生の研究活動を支援しています。
