学習院大学大学院自然科学研究科は、日本女子大学大学院理学研究科との間で、大学院研究科レベルの交流協定を結んでいます。
また、各専攻レベルでも以下の交流を展開しています。
・物理学専攻：東京理科大学大学院理学研究科物理学専攻
・化学専攻 ：立教大学大学院理学研究科化学専攻
・数学専攻 ：「大学院数学連絡協議会」に加盟する中央大学大学院、上智大学大学院、国際基督教大学大学院、明治大学大学院、日本大学大学院、日本女子大学大学院、立教大学大学院、東京女子大学大学院、東京理科大学大学院、津田塾大学大学院
※関連リンク：委託聴講生（学習院の科目を履修している他大学の方）へのお知らせ
・生命科学専攻：「学際生命科学東京コンソーシアム」に加盟するお茶の水大学大学院、北里大学大学院、東京医科歯科大学大学院
※関連リンク：学際生命科学東京コンソーシアム
