共同研究プロジェクトのスタッフは2名以上の所員に加えて客員所員から成ります。所員は文学部専任教員で組織されますが、客員所員は共同研究プロジェクトの代表者が指名する学習院大学内外の研究者で構成され、所長が委嘱します。加えて代表者は、学習院大学大学院人文科学研究科博士課程在学生のうちから研究補助者を指名することができます。
所長は、所員会議を主宰し、運営委員会の委員長を兼ねます。副手は、共同研究プロジェクトを含む人文科学研究所の運営一般の事務を担当します。

所長：冨田 祐一 教授
（2024年4月 人文科学研究所所長就任）